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Un séquenceur unique en France s’installe à l’Inra de Toulouse Midi-Pyrénées

Communiqué de presse - Accélérer l’identification de régions d’intérêt de plantes comme le tournesol ou de parasites comme l’Orobanche cumana1 pour mieux comprendre leurs mécanismes de résistance et d’attaque, nécessite l’acquisition d’un matériel de pointe. Impulsé par plusieurs équipes de recherche2 du centre Inra de Toulouse Midi-Pyrénées dans le cadre du Projet Investissement d’Avenir SUNRISE, soutenu par la Région Midi-Pyrénées et les partenaires industriels Sofiprotéol et Libragen, un séquenceur d’ADN longs fragments de toute dernière génération, le PacBio RS II, est aujourd’hui disponible au sein de la plateforme de génomique GeT-PlaGe de la Génopole de Toulouse.

PacBio RS II. © Inra
Mis à jour le 17/03/2017
Publié le 04/11/2015

Grâce aux avancées technologiques de ces 20 dernières années, les laboratoires de recherche peuvent désormais acquérir l’information génétique ou génome3 de n’importe quel organisme. En fonction de sa complexité, il est plus ou moins facile de reconstituer et d’identifier le catalogue de gènes qui le constitue. Cette étape de décryptage est essentielle car la comparaison des catalogues de gènes d’organismes proches mais ayant des caractéristiques légèrement différentes est la stratégie-clé pour identifier les gènes responsables d’une propriété d’intérêt (comme la résistance à une maladie, la teneur en protéine ou la tolérance à la sécheresse).

Le PacBio RS II, séquenceur à haut débit de 3e génération permet d'obtenir dans des délais très courts (quelques jours contre plusieurs mois), des résultats d’une qualité inégalée sur le génome entier d’une espèce ainsi que sur des zones ciblées, ouvrant ainsi un champ nouveau d'applications pour l'activité de services génomiques dans les domaines de l’agronomie, l’écologie, la médecine…

Des infrastructures et une expertise de 1er rang en sciences du vivant et de l’information

L’Inra a investi fortement à Toulouse dans le développement des technologies pour l’acquisition à haut débit des données en génomique. Au sein de la plateforme technologique génomique GeT-PlaGe, qui met à disposition de la communauté scientifique une expertise et des outils innovants, le PacBio RS II vient renforcer cette infrastructure. Il va permettre de s’attaquer aux défis actuels et futurs pour aider à mieux comprendre le vivant.

Le décryptage d’un génome est une étape nécessitant la maîtrise d’outils et de méthodes informatiques ainsi que des moyens de calculs importants.

Près de 50 bio-informaticiens s’y attaquent au quotidien. Ils bénéficient de moyens de calculs et de stockage unique, dans un environnement sécurisé grâce au 1er Data Center de l’Inra sur le site d’Auzeville, inauguré en 2014 et financé à parité par l’Inra et la Région Midi-Pyrénées pour un total de près de 3 M €.

Une adaptation permanente des dispositifs et des compétences en faveur de l’innovation

L’ambition de l’Inra est de maintenir au meilleur rang les activités de recherche dans les laboratoires français, en disposant d'infrastructures à la pointe de la technologie, et ainsi garantir la qualité de l’implication des scientifiques dans de nombreux projets européens et internationaux.

Ouvert aux partenaires professionnels, ce nouvel équipement, le PacBio RS II, est également un atout en faveur de l’innovation. La technologie PacBio va permettre de finaliser dans les mois qui viennent le décryptage du génome de référence du Tournesol. Il sera une avancée majeure dans le développement de nouvelles variétés plus résistantes aux maladies et plus tolérantes à la sécheresse dans un contexte de changement climatique et il apportera une aide aux producteurs pour mieux lutter contre les parasites comme l’orobanche, par une utilisation encore plus raisonnée des intrants.

 

Le PacBio RS II a bénéficié d'un financement global (équipement et ressources humaines) d’un peu plus de 1,3 million d'euros dont 36 % financé par le FEDER, 36 % par la Région Midi-Pyrénées, 14,6 % par l'Inra, 13 % par Sofiprotéol et 0,4 % par Libragen.

 

Télécharger le communiqué de presse (pdf)

 

1Orobanchecumana : parasite se fixant sur les racines de tournesol, provoquant d'importants dégâts dans les pays producteurs. Sa présence est avérée en France et notamment dans la Région Midi-Pyrénées depuis 2009.
2Equipe Tournesol et Bioinformatique du LIPM, Laboratoire Interactions Plantes Microorganismes (Inra-CNRS), la plateforme de génomique GeT-Plage et le Centre National de Ressources Génomiques (CNRGV)
3Génome : ensemble du matériel génétique d’un organisme.

Projet Investissement d’Avenir SUNRISE

logos. © Inra
logos © Inra

A propos de

A propos de la Région Midi-Pyrénées

« Soutien aux plateformes  mutualisées de recherche, soutien aux allocations de recherche, appels à projets de recherche collaborative. Voici quelques-unes des nombreuses initiatives de  la Région pour conforter l’excellence de Midi-Pyrénées en matière de recherche et d’innovation. En 2015, la Région a consacré 48 M€ de crédits régionaux au soutien à la recherche ainsi que 6 M€ de fonds FEDER dont elle est gestionnaire des fonds pour la période 2014-2020.

Avec 10 000 chercheurs et 400 laboratoires publics, Midi-Pyrénées est la sixième région européenne pour l’effort de recherche avec 4.8% du PIB régional investi dans la R&D. »

A propos de Sofiprotéol

Société de financement et de développement, filiale du Groupe AVRIL, SOFIPROTEOL est un partenaire stratégique des acteurs de l’agro-industrie et de l’agroalimentaire. Dédiée principalement aux filières françaises des huiles et protéines, SOFIPROTEOL contribue à structurer et développer des filières nationales fortes et profondément ancrées dans les territoires, tant au travers de prises de participation ou prêts dans les entreprises sur fonds propres qu’au travers d’opérations de financement de l’innovation, sur fonds d’origine interprofessionnelle.

En effet,  depuis sa création, l’innovation est au cœur de son activité avec le soutien de programmes d’intérêt général destinés à assurer l’avenir de la filière des huiles et des protéines. Ces financements d’origine interprofessionnelle visent à inciter public et privé à améliorer la compétitivité de la production oléoprotéagineuse, favoriser l’innovation et les programmes de recherche appliqués et développer les perspectives offertes par les différents débouchés.

A propos de Libragen

Etablie en 2001 sur la base de ses technologies propriétaires en métagénomique, Libragen est une société de services R&D spécialisée notamment dans les études de métagénomique et de métatranscriptomique. Son expertise en matière d’échantillonnage et d’extraction de l’ADN et de l’ARN éprouvée sur des milieux parfois très complexes, ainsi que ses compétences en termes de clonage, de séquençage et d’analyse des données, ont permis à Libragen d’être au cœur de nombreux projets d’innovation. Ceux-ci ont par exemple permis l’analyse descriptive et comparative de l’évolution de microbiotes (intestinal, cutané) suite à l’introduction de molécules actives, ou bien encore d’identifier les gènes de nouvelles enzymes exploitées ensuite par Libragen sur ses plateformes de biocatalyse industrielle. L’utilisation de séquenceurs nouvelle génération plus puissants permettra à Libragen d’accélérer encore ses développements en accédant plus rapidement et plus fidèlement à l’information génétique.